Sklepy internetowe Zen Cart są jednymi z najbezpieczniejszych programów e-commerce, pod warunkiem jednak, że użytkownik przestrzegał będzie minimum wymogów i zaleceń twórców programu. Po zakończeniu instalacji należy sprawdzić i ewentualnie zmienić prawa dostępu (CHMOD) do strategicznych plików i katalogów Zen Cart-a.
Prawidłowe uprawnienia dla plików konfiguracyjnych to:
444 lub w przypadku problemów z działanieniem na niektórych serwerach 644
/katalog_główny_sklepu/includes/configure.php
/katalog_główny_sklepu/admin/includes/configure.php
Ważne dla poprawności działania programu jest również udzielenie pełnych praw dostępu dla wszystkich użytkowników - 777 - do poniższych katalogów i ich zawartości:
/katalog_główny_sklepu/cache
/katalog_główny_sklepu/pub
/katalog_główny_sklepu/images
/katalog_główny_sklepu/includes/languages/english/html_includes **
/katalog_główny_sklepu/admin/backups
/admin/images/graphs
** dotyczy również katalogów z pozostałymi wersjami językowymi w przypadku korzystania w sklepie z innych wersji językowych
