Oczywiście, można, lecz w innym katalogu niż jest zainstalowany działający już sklep. Należy również utworzyć nową bazę danych dla nowej instalacji Zen Cart-a.
Istnieje wprawdzie możliwość wykorzystania tylko jednej bazy danych dla kilku programów (podczas instalacji nowego sklepu należy wpisać prefix dla tworzonych tabel inny niż posiadają tabele już istniejące w bazie), lecz rozwiązanie takie nie jest zalecane ze względu na stabilność działania i bezpieczeństwo danych. Również archiwizacja takiej bazy i jej późniejsze przywracanie może powodować niestabilność działania wszystkich programów korzystajacych ze wspólnej bazy.
Sklepy internetowe Zen-Cart zajmują sumarycznie niewiele miejsca na serwerze, tak więc pomimo istnienia możliwości wspólnej instalacji na serwerze wraz z innymi programami, biorąc pod uwagę aktualne oferty firm hostingowych umożliwijące użytkowanie kilku niezależnych baz danych na jednym koncie klienta, raczej należy korzystać z indywidualnej bazy danych przeznaczonej wyłącznie dla sklepu internetowego.
Z możliwości wykorzystania wspólnej bazy danych powinni korzystać jedynie doświadczeni użytkownicy i to tylko w przypadku gdy rzeczywiście nie ma warunków do utworzenia odrębnej bazy.
